No dia 1o de setembro de 1998 foi sancionada a Lei no 9696/1998, que trata sobre a regulamentação da profissão de educação física no Brasil. A legislação, inclusive, trata também sobre a criação dos Conselhos Regionais de Educação Física, que começaram a ser implantados no ano de 1999.

Através da Resolução CONFEF 043/2001, é instituído o Conselho Regional de Educação Física da 10a Região, com jurisdição nos Estados da Paraíba e do Rio Grande do Norte.

Início do funcionamento da secretaria do CREF10/PB-RN começou a funcionar no bairro do Tirol, em Natal. Foram mobilizados oito profissionais do Rio Grande do Norte para a realização das primeiras fiscalizações no Estado.

Por meio da Resolução CREF10/PB-RN no 21/2006, foi criada oficialmente em 13 de dezembro de 2006, a Seccional Rio Grande do Norte.

Com o aumento do número de profissionais no mercado potiguar, era necessário que a estrutura tivesse autonomia em relação à gestão administrativa e à fiscalização do exercício profissional. Percebendo o crescimento e as mudanças ocorridas no RN, o Conselho Federal de Educação Física entendeu que seria possível a “separação” entre o Rio Grande do Norte e a Paraíba, cada um contando com seu próprio CREF. Assim, o CREF16/RN foi oficialmente criado e instalado pela Resolução CONFEF 284 de 09 de setembro de 2015, tendo como presidente o profissional Francisco Borges de Araújo (CREF 001001 G/RN) e instalado na rua Desembargador Antônio Soares, no bairro do Tirol.

Em 14 de julho de 2017, o plenário do CREF16/RN aprovou, por unanimidade, a solicitação do Presidente Francisco Borges de Araújo para a aquisição de um imóvel próprio para a instituição.